小智和皮卡丘，及同伴们一群人来到大城—纽特市。
在繁忙都市街道的正中央，设立了保护神奇宝贝安全的神奇宝贝专用居住设施—神奇宝贝山庄，近期预定完工。
“排除所有敌人…”
此事，在即将建造完成的神奇宝贝山庄前突然出现一只红色的神奇宝贝。
他的名字是「赤红盖诺赛克特」
那是电浆团从3亿年前的化石中，改造了基因并使其之兵器复活的神奇宝贝。
盖诺赛克特们失去了曾属于他们的故乡，因此只要他们所看到的人，都被视为敌人而捕捉。
而他们背上的炮台，向小智一行人发射破坏技术光线！
…就在此时，守护在即将遭受攻击的小智一群人面前的，
竟然是传说中的神奇宝贝超梦!!
“他们原本是不应该存在在这个世界的神奇宝贝…就像我一样。”
为了停止盖诺赛克特们的悲伤，超梦决定挺身出来与其对峙。
两方激烈的战斗冲撞，产生出来威力强大的冲击波将整个街道卷入其中。
超越双方极限的对打，进入了神奇宝贝史上最快的速度战斗！
在这惊人的冲击中，小智和皮卡丘是否能拯救神奇宝贝山庄？—
——今年夏天，超梦觉醒开始!!
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