1973年2月10日，假面骑士1号和2号联手挫败秘密结社修卡的阴谋和势力，世界重归和平。谁知神秘莫测的假面骑士3号突然现身，他拥有远超于1号和2号的强大实力，并且原样继承了修卡的邪恶基因。1号和2号虽然奋力迎战，但最终双双败于这位可怕对手的脚下。好不容易迎来的和平转瞬即逝，世界重新落入黑暗之中。时光流转，不知不觉迎来了2015年，地球已经全面被修卡所掌控，而假面骑士们也分化成善恶两派。人数本就不多的正义骑士，在修卡以及邪恶骑士的残酷打压下日渐萎靡，命悬一线。泊进之介(竹内凉真饰)是隶属于修卡特状课的一名成员，他原本并未察觉自身所在团体的邪恶本质，但当目睹修卡利用儿童当盾牌的卑鄙行径之后，进之介的内心受大巨大冲击。“守护孩子们的梦想，点燃希望之光，这才是真正的假面骑士！”在假面骑士BLACK南光太郎(倉田 饰)的言语感召之下，进之介体内的阴霾烟消云散，正义的灵魂慢慢苏醒。而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎(及川光博 饰)出现在他的面前。黑井极大地鼓舞着这个迷惘的青年，号召所有正义者掀起反叛大旗，推翻修卡的统治。而令进之介怎么也想不到的是，黑井正是打败了1号和2号并彻底改写地球历史的罪魁祸首。被全然改写的黑暗历史，正义与邪恶较量竞争，最终地球将迎来怎样的未来？
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