1999年7月，一艘巨大的外星飞船坠落到地球上。地球也随着这颤抖的大地一样分裂成了两派：统合政府和反统合联盟----漫长的地球统合战争就此拉开了序幕。多年过去了，信，统合政府的海军F-14TomCat飞行员，驾驶技术高超，但目中无人，连副驾驶爱德华(也许是军中他唯一的朋友)有时也必须对他忍气吞声。某日，信和队友执行任务归舰途中，突然遭到不明的战斗机袭击，其中一架竟然可以变形，它击落了信所在小队的全部飞机。在飞机爆炸前弹出逃生的信，被玛雅岛上的当地人救起，而爱德华却下落不明。负伤的信不仅不感恩，反而对这里的居民抱有敌意。但是随着和岛上的风之巫女莎拉以及她的妹妹玛奥相处一段时间后，他渐渐对纯朴的她们消除了隔阂，也从这里的古老传说以及莎拉的特殊能力中，感觉到这个小岛并非只是与外界来往较少，它似乎有着不同寻常的地方。与此同时，统合军不仅对外星飞船的研究中出现了成果，还在海底发现了可能是史前文明的残骸，领导此项研究的阿莉艾斯博士，她的“好友”霍克担任海军骷髅小队的队长，正是由他驾驶最新型的VF-0可变形战斗机率队进行第一次实战！激烈的变形机空战在小岛的周围展开，不断坠落的碎片、枪弹倾泻到了这个弹丸之地，而此时去圣泉的玛奥被这些从天而降的天火所包围，生命危在旦夕..玛雅岛在战火中颤抖...，人类自相残杀，除了灭亡，也许什么也得不到。莎拉神奇的力量会平熄灾难的降临？还是会将人类拉入深渊？
