《闪电十一人GO2：时空之石》在前作中，雷门十一人成功达成了找回真正的足球的“革命”。在神圣之路大赛后，主角松风天马为了教孩子们足球而来到了冲绳。当活动结束后，回到雷门的天马在那目击到不得了的异变...！ 在神圣之路得到优胜，应该是回到了和平的生活中，忽然出现了被称为最终协议〈プロトコル・オメガ〉的足球队。 从两百年后的未来出现的他们，其目的就是要把足球运动从这个世界上抹消掉。当天马被压倒性的力量打得落花流水的时候，出现了一位谜之少年“菲(フェイ)”伸出了援手。 天马他们为了要阻止足球消失，展开了穿越时空的冒险旅程。“穿梭过去与未来的冒险剧”正式开始！！
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