公元2079年。。。。
由于神秘的机械细胞群，在世界的规模的人类扫荡作战开始了。
在2年长的战斗之后，处于劣势的人类军使用了最后破坏兵器。然而，大量消灭敌人的同时，人类也付出了极为巨大的代价。各个主要的大陆被分割，南极洲消失，地球陆地的50％以上沉没于水中。但是三年后，有情报说，ミッドウェイ海上再次出现了，被认为已经歼灭了的敌人群体。为了确认情报真伪，一艘的航空巡洋舰「攻龙」，秘密地从JAPAN出港。在「攻龙」上搭载了体现JAPAN海军全新的设计思想的战斗兵器，装备了飞行外骨骼ソニックダイバー的3架机体「零神」、「风神」、「雷神」。驾驶ソニックダイバー的是樱野音羽，园宫可怜，一条瑛花的三个年轻的少女们。被称作为Skygirls的三个飞行员。
承载着人类未来的希望，向天空振翅的时刻到了!!
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